กองคลัง จัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติวิทยาลัยเทคโนโลยีและอาชีวศึกษา พ.ศ. 2518 เดิมแบ่งโครงสร้างโดยประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการในวิทยาลัยเทคโนโลยีและอาชีวศึกษา ประกาศ ณ วันที่ 2 กุมภาพันธ์ 2519 แบ่งหน่วยงานเป็น 5 แผนก คือ (1). แผนกการเงิน (2). แผนกบัญชี (3). แผนกตรวจ (4). แผนกพัสดุ (5). แผนกงานงบประมา
ในช่วงต่อมาปี 2542 ได้แบ่งโครงสร้างหน่วยงานออกเป็น 6 ฝ่าย คือ (1). ฝ่ายบริหารงานทั่วไป (2). ฝ่ายตรวจสอบและเบิกจ่ายเงินงบประมาณ (3). ฝ่ายบัญชี (4). ฝ่ายการเงิน (5). ฝ่ายตรวจสอบและเบิกจ่ายเงินนอกงบประมาณ (6). ฝ่ายงบประมาณ ตามประกาศสถาบันเทคโนโลยีราชมงคล
เรื่อง กำหนดภารกิจ บทบาท หน้าที่ความรับผิดชอบของหน่วยงาน ตามแผนอัตรากำลังข้าราชการพลเรือนสามัญ รอบที่ 3 (ปีงบประมาณ พ.ศ. 2541-2545) ตามแผนปรับปรุงประสิทธิภาพ ประกาศ ณ วันที่ 30 พฤศจิกายน 2542
ต่อมาเมื่อได้มีพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคล พ.ศ.2548 ซึ่งพระบาทสมเด็จพระจ้าอยู่หัวได้ทรงลงพระปรมาภิไธย เมื่อวันที่ 8 มกราคม 2548 และได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 18 มกราคม 2548 ซึ่งพระราชบัญญัติดังกล่าว มีผลบังคับใช้ตั้งแต่ วันที่ 19 มกราคม 2548 สถาบันเทคโนโลยีราชมงคล ตามพระราชบัญญัติสถาบันเทคโนโลยีราชมงคล พ.ศ. 2518 เป็นมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลธัญบุรีตามพระราชบัญญัติ ซึ่งมีผลทำให้บุคลากรสายสนับสนุนต้องแยกย้ายกันไปปฏิบัติงานตามมหาวิทยาลัยฯ ต่าง ๆ ในส่วนของกองคลัง มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลธัญบุรีเมื่อเริ่มต้นปีงบประมาณ 2549 มีผู้ปฏิบัติงานที่มาจากกองคลังเก่าเมื่อครั้งอยู่ที่เทเวศร์มีเพียงข้าราชการ 7 คนและลูกจ้างชั่วคราว 3 คน ดังนั้น มหาวิทยาลัยฯ จึงได้ปรับนโยบายในการบริหารจัดการแบบรวมศูนย์ โดยนำบุคลากรสายสนับสนุนจากทุกหน่วยงานภายในมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลธัญบุรี มาปฏิบัติงานที่ส่วนกลาง และรับภาระงานจากหน่วยงานมาด้วย ในด้านการจัดซื้อจัดจ้าง งบดำเนินการให้หน่วยงานสนับสนุนทั้งหมด และงบลงทุนให้หน่วยงานสนับสนุนและทุกคณะ การรับ – จ่ายเงินให้กับนักศึกษา เจ้าหน้าที่ และบุคลภายนอก การเบิกจ่าย การบัญชี ทั้งหมด โดยมีการแบ่งหน่วยงานภายในออกเป็น 6 ฝ่าย คือ
1. ฝ่ายบริหารงานทั่วไป
2. ฝ่ายตรวจสอบและเบิกจ่าย 1
3. ฝ่ายตรวจสอบและเบิกจ่าย 2
4. ฝ่ายบัญชี
5. ฝ่ายการเงิน
6. ฝ่ายพัสดุ
